Loppusyksyn – alkutalven säille on tyypillisiä lämpöjaksot, jolloin nopeasti sadonkorjuun jälkeen jäähdytetyssä perunavarastossa ei pystytä pitämään lämpötilaa vakaana. Lyhtyaikainenkin lämpöpiikki varastossa lisää perunassa hengitystä, hiilidioksidin kertymistä, kondenssiveden syntymistä ja sokereiden muodostumista. Näiden seurauksena mm. harmaahilse lisääntyy, perunan sisäinen laatu heikentyy ja itämislepo murtuu helposti ennenaikaisesti.
Yleensä peruna on noston ei ala itää välittömästi noston jälkeen, vaikka varastoidaankin aluksi lämpimässä. Perunan itämislepo alkaa tavallisesti purkautua vasta marras–joulukuussa, joten terveen perunasadon jäähdyttäminen lopulliseen noin +4 asteen varastolämpötilaan voidaan hyvin aloittaa vasta loka–marraskuun vaihteessa. Tuolloin yölämpötilat ovat yleensä jo riittävän matalia pudottamaan varaston lämpötilan hallitusti. Myös riskit äkillisten lämpöjaksojen aiheuttamilta varastojen lämpiämisiltä ovat enää hyvin vähäisiä. Erityisesti lievästi ruttoinen (ruttoa enintään 5–7 %) peruna kannattaa jäähdyttää lopulliseen varastointilämpötilaan hitaasti, jotta pellossa ruttosaastunnan saaneet mukulat kuivettuisivat lajittelussa helposti havaittaviksi.